乌鲁木齐市有野生植物1097种(含46个变种)86科429属。其中蕨类植物8科，裸子植物只有3科，被子植物75科。其中科数、属数和种数分别占新疆植物总科数、属数和总种数(占新疆植物志)的53.42%、48.92%、和26.90%，是干旱区城市植物多样性非常丰富的城市。乌鲁木齐分布有23种新疆特有植物种，国家级和自治区级重点保护野生植物31种。其植物区系的来源是多方面的，各种成分在这里汇合交融，并在独特的干旱环境中演化，形成现代如此复杂的区系特征，与本地区所处的气候带、地理位置及地史变迁一致。植物区系中的优势科全为世界广布科，反映出其植物区系生境的严酷性。